La gloire de Dieu était la première et constante préoccupation des Jésuites et pour cela, ils décidèrent rapidement de la construction d'une nouvelle église pour le collège car en effet les deux anciennes églises, mises à leur disposition au début de la création du collège de Sion, celles de St-Pierre et de la Trinité, se trouvaient dans un état assez pitoyable suite à l'incendie de 1788.
La construction de l'église débuta rapidement (1806), suite aux efforts du R.P. Joseph Sinro de la Tour et les travaux furent confiés à l'architecte Jean-Joseph Andenmatten de Saas. Le manque d'argent et l'envahissement du Valais par les Français (1811-1813) retarda de quelques années la fin de sa construction. Par exemple son clocher, campanile élancé de forme byzantine, avec sa gracieuse coupole argentée, fut terminé en 1835.
L'orgue fut construit par l'évêque de l'époque, Mgr Joseph-Xavier de Preux entre 1807 et 1817.
Une restauration de l'église a été réalisée par l'artiste allemand, spécialiste de l'art baroque, M. Walter en 1965.
